La marina de Puerto Juárez, tres kilómetros al norte de la zona hotelera de Cancún, ha servido como el principal punto de embarque para Isla Mujeres desde la década de 1970, cuando el pueblo pesquero de la isla comenzó su gradual transformación en un destino de viaje de un día.
El cruce cubre once kilómetros de mar Caribe abierto, un trayecto que los ferris navegan en quince a veinte minutos en condiciones favorables. Durante la temporada alta, de diciembre a abril, la terminal procesa más de dos mil pasajeros diariamente, divididos entre ferris públicos de gran capacidad y chárteres privados más pequeños.
Los servicios de traslado privado en lancha de Cancún a Isla Mujeres operan bajo un modelo logístico diferente al de los ferris públicos programados. Un chárter privado parte cuando llega el cliente, elimina las colas en la taquilla y atraca en el muelle elegido por el cliente, ya sea en el centro cerca de la Avenida Rueda Medina o más cerca de las playas del norte. Las embarcaciones varían desde pangas de ocho pasajeros con motores fuera de borda individuales hasta catamaranes de cuarenta pasajeros equipados con cubiertas sombreadas y refrigerios a bordo. El precio refleja el tamaño de la embarcación, la flexibilidad de salida y si el chárter incluye el pasaje de regreso u opera solo de ida.
El cruce de la bahía presenta una complejidad de navegación mínima. Los vientos predominantes del este producen un oleaje moderado entre noviembre y marzo; los meses de verano traen aguas más tranquilas pero tormentas ocasionales por la tarde que provocan suspensiones temporales de las salidas. Los capitanes prefieren los horarios de la mañana, entre las siete y las diez, cuando la visibilidad alcanza su punto máximo y el viento permanece ligero. La ruta pasa por la costa noreste de Cancún antes de girar hacia el este hacia la costa oeste de Isla Mujeres, un corredor frecuentado por embarcaciones de pesca deportiva que se dirigen a zonas más profundas de alta mar.
La mayoría de los chárteres privados que operan desde Puerto Juárez poseen permisos emitidos por la Autoridad Portuaria de Quintana Roo y cuentan con seguro de responsabilidad civil obligatorio. Los operadores generalmente requieren una reserva con cuarenta y ocho horas de antelación durante las semanas pico, aunque las salidas el mismo día siguen siendo posibles fuera de los días festivos principales. El tamaño compacto de la isla, siete kilómetros de largo por menos de un kilómetro de ancho en su parte más ancha, significa que el punto de desembarque importa: atracar en el centro coloca a los visitantes a poca distancia del Mercado Municipal y del muelle de ferris para salidas posteriores, mientras que los desembarques en el norte favorecen los clubes de playa a lo largo de Playa Norte. El servicio de ferry de ida y vuelta desde Puerto Juárez ofrece una opción intermedia, combinando la fiabilidad programada con el acceso a la playa.
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