Il porto turistico di Puerto Juarez, a tre chilometri a nord della zona alberghiera di Cancun, funge da punto di imbarco principale per Isla Mujeres fin dagli anni '70, quando il villaggio di pescatori dell'isola iniziò la sua graduale trasformazione in una destinazione per gite di un giorno.
La traversata copre undici chilometri di acque caraibiche aperte, un tratto che i traghetti percorrono in quindici-venti minuti in condizioni favorevoli. Durante l'alta stagione, da dicembre ad aprile, il terminal accoglie più di duemila passeggeri al giorno, suddivisi tra traghetti pubblici ad alta capacità e charter privati più piccoli.
I servizi di trasferimento privato in barca da Cancun a Isla Mujeres operano su un modello logistico diverso rispetto ai traghetti pubblici di linea. Un charter privato parte all'arrivo del cliente, elimina le code allo sportello dei biglietti e attracca al molo scelto dal cliente, in centro vicino ad Avenida Rueda Medina o più vicino alle spiagge settentrionali. Le imbarcazioni stesse variano da panga da otto passeggeri con singoli motori fuoribordo a catamarani da quaranta passeggeri dotati di ponti ombreggiati e rinfreschi a bordo. Il prezzo riflette le dimensioni dell'imbarcazione, la flessibilità di partenza e se il charter include il ritorno o opera solo andata.
L'attraversata della baia presenta una complessità di navigazione minima. I venti prevalenti da est producono un moto ondoso moderato tra novembre e marzo; i mesi estivi portano acque più calme, ma occasionali temporali pomeridiani che causano la sospensione temporanea delle partenze. I capitani preferiscono le fasce orarie mattutine, tra le sette e le dieci, quando la visibilità è massima e il vento rimane leggero. La rotta costeggia il litorale nord-orientale di Cancun prima di dirigersi verso est, verso la costa occidentale di Isla Mujeres, un corridoio frequentato da imbarcazioni da pesca sportiva dirette verso acque più profonde.
La maggior parte dei charter privati che operano da Puerto Juarez possiede permessi rilasciati dall'Autorità Portuale di Quintana Roo e dispone di un'assicurazione di responsabilità civile obbligatoria. Gli operatori richiedono solitamente quarantotto ore di anticipo per la prenotazione durante le settimane di punta, sebbene le partenze in giornata rimangano possibili al di fuori delle festività principali. Le dimensioni compatte dell'isola - sette chilometri di lunghezza per meno di un chilometro di larghezza nel punto più ampio - rendono importante il punto di sbarco: l'attracco in centro mette i visitatori a pochi passi dal Mercado Municipal e dal molo dei traghetti per le partenze successive, mentre gli sbarchi a nord favoriscono i beach club lungo Playa Norte. Il servizio di traghetti di andata e ritorno da Puerto Juarez offre un'opzione intermedia, combinando l'affidabilità degli orari con l'accesso alla spiaggia.
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