La marina de Puerto Juarez, située à trois kilomètres au nord de la zone hôtelière de Cancún, sert de point d'embarquement principal pour Isla Mujeres depuis les années 1970, époque où le village de pêcheurs de l'île a entamé sa transformation progressive en destination d'excursion à la journée.
La traversée couvre onze kilomètres d'eau ouverte des Caraïbes, un trajet que les ferries parcourent en quinze à vingt minutes dans des conditions favorables. Durant la haute saison, de décembre à avril, le terminal traite plus de deux mille passagers par jour, répartis entre les grands ferries publics et les plus petits charters privés.
Les services de transfert privé en bateau de Cancún à Isla Mujeres fonctionnent sur un modèle logistique différent des ferries publics réguliers. Un charter privé part dès l'arrivée du client, élimine l'attente au guichet et accoste à l'embarcadère choisi par le client, soit au centre-ville près de l'Avenida Rueda Medina, soit plus près des plages du nord. Les navires eux-mêmes varient, allant des pangas de huit passagers avec un seul moteur hors-bord aux catamarans de quarante passagers équipés de ponts ombragés et de rafraîchissements à bord. Les prix reflètent la taille du navire, la flexibilité du départ et si le charter inclut le retour ou fonctionne en aller simple.
La traversée de la baie présente une complexité de navigation minimale. Les vents dominants d'est produisent un léger clapotis entre novembre et mars ; les mois d'été apportent une eau plus calme mais des orages occasionnels l'après-midi qui provoquent des suspensions temporaires des départs. Les capitaines privilégient les créneaux matinaux, entre sept et dix heures, lorsque la visibilité atteint son apogée et que le vent reste léger. L'itinéraire longe le rivage nord-est de Cancún avant de tourner plein est vers le rivage ouest d'Isla Mujeres, un couloir fréquenté par les bateaux de pêche sportive se dirigeant vers des zones plus profondes au large.
La plupart des charters privés opérant depuis Puerto Juarez détiennent des permis délivrés par l'autorité portuaire de Quintana Roo et disposent d'une assurance responsabilité civile obligatoire. Les opérateurs exigent généralement une réservation 48 heures à l'avance pendant les semaines de pointe, bien que des départs le jour même restent possibles en dehors des grandes vacances. La taille compacte de l'île, sept kilomètres de long sur moins d'un kilomètre de large au plus large, signifie que le point de débarquement est important : accoster au centre-ville place les visiteurs à distance de marche du Mercado Municipal et du terminal ferry pour les départs ultérieurs, tandis que les débarquements au nord favorisent les clubs de plage le long de Playa Norte. Le service de ferry aller-retour depuis Puerto Juarez offre une option intermédiaire, combinant la fiabilité des horaires et l'accès aux plages.
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